「フラット３５Ｓ」の適用基準は、新築・中古住宅共通の基準となっています。
基準は、省エネルギー性、耐震性、バリアフリー性、耐久性・可変性の４つがあり、平成２０年度の基準改正で、このうちいずれか１つの基準を満たせば本制度が適用可能となりました。
基準の具体的内容は、住宅金融支援機構のホームページ上から確認できますが、簡単に説明すると、省エネ性は、省エネ対策等級４の住宅、耐震性は、耐震等級２又は３の住宅、バリアフリー性は、高齢者等配慮対策等級３，４又は５の住宅、耐久性・可変性については、劣化対策等級３かつ維持管理対策等級２又は３の住宅であることがてい用基準です。
各技術基準は、「住宅の品質確保の促進等に関する法律」（品確法）に基づく住宅性能表示制度の性能等級と同じ基準です。
「フラット３５Ｓ」の適用を受けるためには、適合証明書の発行機関に対して物件検査の申請を行い、適合証明書の交付をふける必要があります。
ただ、中古マンションでは、「中古マンションらくらくフラット３５」に登録された住宅の内「フラット３５Ｓ」（中古タイプ）に登録され住宅は、適合証明書の交付を省略できます。
「フラット３５Ｓ」の申し込みは、住宅ローンの借入先の各金融機関に対して行いますが、この制度は、技術基準なのである程度の専門知識を要します。そこで、住宅やマンションを建築・購入の際には、工務店やマンション販売会社等に十分な説明を受けることが必要です。